В основе файловой системы MS DOS лежит древовидная структура каталогов. Корень этой структуры представляет собой совокупность ограниченного числа дескрипторов, описывающих файлы и каталоги (подкаталоги) следующего уровня. Подкаталог представляет собой файл особого типа, который содержит дескрипторы файлов и подкаталогов очередного нижележащего уровня. В отличие от корневого каталога количество дескрипторов в подкаталоге не ограничено и определяется только размером диска. Дескриптор представляет собой экземпляр структуры размером 32 байта. Поля этой структуры содержат различную информацию о файле: идентификатор файла и его характеристики — дата и время создания (модификации), номер начального кластера, длина файла и его атрибуты.
Для использования файла в программе необходимо выполнить следующие операции:

• создание нового файла;
• открытие существующего файла;
• запись/чтение в/из файл(а);
• закрытие файла.

Операционная система MS DOS поддерживает эти операции с помощью набора функций прерывания 21h. Кроме этих функций данное прерывание содержит функции для работы с каталогами:

• создать каталог;
• удалить каталог;
• сменить каталог.

Существует также ряд других функций для работы с файловой системой, в том числе для поиска файлов и получения информации о них.